1996年3月，取得国家商标局颁发的“大元”商标使用证，公司正式更名为大元泵业有限公司。
2001年，占地60亩、设计规模年产100万台水泵的大元泵业新厂区建成投产。同年，在上海浦东建立并投产大元泵业全资子公司――上海新沪电机厂有限公司，作为大元泵业高端水泵研发基地和生产基地，专业研发制造gpd、gp系列单、三相管道屏蔽循环电泵，np、hp中央空调用泵，化工屏蔽泵，船用泵等。使大元水泵产品系增加到9个大系。公司研发的屏蔽电泵已在首都机场、奥运场馆等供暖设施中广泛使用；溴化锂泵、化工泵已在各重要化工领域得到广泛应用。
2007年，合肥新沪屏蔽泵有限公司成立。大元在合肥市高新区投资兴建142亩水泵生产基地，已建成5万平方米标准厂房和生活配套设施。
2013年，2.4万平米生产大楼建成并投入使用，3.8万平米的三期工程2014年已经开始启动，同时通过环境影响评价。
2015年，获得台州市政府质量奖，浙江制造。
2017年，大元泵业在上海证券交易所主板成功上市。（股票代码：603757）
2019年，大元被国家工信部列入绿色工厂名录，同时，大元的井用潜水电泵和污水污物潜水电泵两个产品系列均被列入国家级能效之星产品名录，新研发的永磁高转速井泵，也通过了浙江省高新技术产品的验收。